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Python-EEG工具庫MNE-Python詳細安裝與使用

發布百知教育 來源:學習課程 2019-11-26

主要內容如下:

安裝Python(推薦安裝Anaconda)

安裝MNE-python

下載MNE-Python中案例數據

測試是否安裝成功以及簡單使用


1.安裝Python(推薦安裝Anaconda)[這里是windows系統下的安裝]

    

Anaconda用來管理不同版本的Python環境,可以方便地安裝、更新、卸載工具包,而且安裝時能自動安裝相應的依賴包。同時Anaconda自帶很多常用軟件包以及科學計算包,比如數據分析中需要的Numpy、Pandas等,數據可視化用的matplotlib等,還有Jupyter notebook[Jupyter Notebook 是一個 Web 應用程序,支持實時代碼、數學方程、可視化和 Markdown,其用途包括數據清理和轉換、數值模擬、統計建模、機器學習等]。所以推薦安裝Anaconda,因為它已經包含了Python以及常見要用的Python工具庫。


先到官網下載:

推薦安裝Python3.x版本的Anaconda,因為Python2.x版本即將不被維護了,如下圖。



python培訓


也可以安裝Python3.7以前版本的Anaconda

(即歷史版本:https://repo.anaconda.com/archive/)

選擇Anaconda3因為Anaconda3代表Python3.x。


具體安裝的教程請看:https://blog.csdn.net/zyb228/article/details/103249706

安裝好一定要記得配置環境


2. 安裝MNE-python


在控制臺中輸入:


pip install -U mne


python培訓


若是安裝過程沒出現錯誤,即表示安裝成功。


3.下載MNE-Python中案例數據


據交流群中群友反應,官方MNE-Python數據下載特別慢,

這里提供了MNE-Python官方案例:MNE-sample-data下載。

下載地址:

請關注 腦機接口社區 公眾號

后臺回復"MNES",獲取官方 MNE-sample-data(1.3G)數據,如果失效了,可以在公眾號后臺聯系。


4.測試是否安裝成功以及簡單使用


先點擊如左圖紅框中,或者在控制臺輸入如下右圖內容回車即可。


python培訓


在瀏覽器中會彈出Jupyter notebook的web應用,操作如下:



python安裝


即可生成一個可編輯頁面,在編輯頁面中編輯如下代碼,并點擊run,如下圖



python培訓


如果能出現下面結果,則表示已安裝成功。


注意,需要將上述下載得到的數據存放的路徑賦值給fname。具體看下面代碼,我是存放在F盤的data中。




# 引入python庫import mnefrom mne.datasets import sampleimport matplotlib.pyplot as plt
# sample的存放地址data_path = sample.data_path()# 該fif文件存放地址fname = 'F:/data/MNE-sample-data/MEG/sample/sample_audvis_raw.fif'
"""如果上述給定的地址中存在該文件,則直接加載本地文件,如果不存在則在網上下載改數據"""raw = mne.io.read_raw_fif(fname)
"""案例:獲取10-20秒內的良好的MEG數據
# 根據type來選擇 那些良好的MEG信號(良好的MEG信號,通過設置exclude="bads") channel,結果為 channels所對應的的索引"""
picks = mne.pick_types(raw.info, meg=True, exclude='bads')t_idx = raw.time_as_index([10., 20.])data, times = raw[picks, t_idx[0]:t_idx[1]]plt.plot(times,data.T)plt.title("Sample channels")plt.show()


python培訓




"""

繪制SSP矢量圖

"""

raw.plot_projs_topomap()

plt.show()



python培訓






"""

繪制電極位置

"""

raw.plot_sensors()

plt.show()


python培訓


python培訓班:http://www.akpsimsu.com/python2019


注釋:文章內容來自公眾號腦機接口社區

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www.akpsimsu.com

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